Lille jordmøgbille er tæt beslægtet med den lignende Aphodius niger. Arten er aflang og parallelsidet, og oversiden er metalskinnende sort med undtagelse af hovedets forkant, der er mørkebrun. Benene og undersiden er også mørkebrune. Kinderne er relativt tydeligt udstående. Pronotum er dækket af en tydelig og jævnt udspredt punktur, og er jævnt randet i siderne. Pronotum er desuden ret højt hvælvet.

Dækvingerne er næsten parallelle, men er en smule bredere bag midten, og har punktlængdestriber. Nogle individer har to mere eller mindre røde pletter forrest på dækvingerne. Dækvingerne er også yderst svagt, men tæt og jævnt udspredt punkteret. Derudover er de - set i profil - ret nedfaldende bagtil. Mellemskinnebenenes endespore er længere end 1. fodled. Længde: 3-4.5 millimeter. Arten er i underslægten Liothorax.