Regnløjen kan forveksles med små eksemplarer af andre karpefisk, f.eks. skaller. Regnløjen er dog den eneste karpefisk i Danmark (med undtagelse af den indførte europæisk bitterling), der har en afbrudt sidelinje. Regnløjeyngel og rudskalle-yngel ligner hinanden til forveksling. Regnløjeyngel har en knap så høj og sammentrykt krop som rudskalle-yngel. Og så sidder regnløjeynglens rygfinne endnu længere tilbage i forhold til bugfinnen.

Føden består især af plankton samt af småinsekter, der falder ned på vandoverfladen. Regnløjer danner stimer, men er ikke så koordinerede som andre stimefisk. Til gengæld er arten hurtig til at kolonisere nye vande, når vandfugle flytter rundt på planter, hvor der sidder regnløjeæg. Da får regnløjen hurtigere en stor bestand på benene end mange andre fisk. Arten yngler i Danmark fra juni til august. Kan leve i op til fire år.

Lever i ferske vand fra de mindste vandhuller til de største søer og foretrækker at holde til i de øverste vandlag. I vandløb er den mindre almindelig. Regnløjer kan leve i brakvand, men det er meget sjældent herhjemme.

Almindelig i ferskvand over det meste af landet. Kun ét sted er den fundet i brakvand, nemlig i Boderne Havn på Sydbornholm.

Carl, H. & P.R. Møller (red.). 2012. Atlas over danske ferskvandsfisk.

I yngletiden er hannen hos regnløjen territorial og lokker hunnen til med en parringsdans. Hannen vogter æggene aggressivt og sikrer tilførsel af ilt ved at bevæge finnerne, indtil æggene klækkes. Det gør de efter 3-12 dage afhængig af temperaturen, hvorefter ynglen danner stimer.