Arten kan forveksles med tykskallet malermusling. Skallen hos denne er næsten helt sort, nyreformet og tykkere end skallen hos flodperlemusling.

Muslingen lever af plankton. Dyret ligger halvt nedgravet i sandet, med sin bagende vendt mod strømmen, så den kan filtrere plankton fra vandet. Det tager 30 år for flodperlemuslingen at blive kønsmoden. Kønsmodne flodperlemuslinger føder tusindvis af larver fra juni til september. I samme tidsrum søger laks og ørreder op i vandløb for at gyde. Larverne sætter sig fast på fiskenes gæller for at blive transporteret hen til nye levesteder. Imens larverne sidder fast på fiskene, udvikler de sig til muslinger. Der går mellem 6 uger og 10 måneder, før nyudviklede flodperlemuslinger slipper deres vært for at falde til bunden, hvor de graver sig ned i sandet. Unge flodperlemuslinger tilbringer de første 4-5 år nedgravet i en dybde på 35 cm, hvor de vokser til en længde på ca. 2 cm. Flodperlemuslinger kan blive helt op til 140 år i naturen. 

Flodperlemuslingen kan træffes i floder, åer og søer. Der skal være rent grus og sand på bunden af deres levested, for at der kan tilføres ilt til de nedgravede unge individer. Hvis deres levested er forurenet med tungmetaller, mister de let deres forplantningsevne.

Arten er sjælden i Danmark. I 2021 blev der for første gang siden 1974 registreret flodperlemuslinger på en kort strækning af Varde Å. Det vides ikke, om arten er til stede i andre dele af landet.

Miljøstyrelsen