Sydflagermus og brunflagermus er af samme størrelse. Sydflagermusens skrig ligger i det samme frekvensområde, men har en hurtigere rytme (7 skrig per sekund). Med en almindelig detektor opfatter man let den langsomme skrigrytme hos skimmelflagermusen, man fornemmer, at den tøver sammenlignet med sydflagermusen. Brunflagermusens to skrig har en noget lavere frekvens (ca. 20 kHz).

Jager højt og fri af træer. Som hos de fleste flagermus sker parringen om efteråret, men befrugtningen sker først om foråret.

Om sommeren mest i det åbne land, hvor huse bruges som opholdssteder. Skimmelflagermusen synes at komme ind til byerne om efteråret. Vinterdvalen sker ofte i høje bygninger, som arten nærmest synes at være afhængig af. Det er derfor i byerne, man hører denne arts karakteristiske sang. Arten går sent i dvale, man hører ofte sangen langt hen i november.

Den største tæthed af denne art synes at være i Nord/Østsjælland. Men arten er også observeret andre steder på øerne og i Østjylland.

De fleste yngre mennesker kan høre skimmelflagermusens revirsang med det blotte øre. Lyden er en meget ensformig tikkende lyd, der kan blive ved i timevis. Nogle mennesker tror, at lyden stammer fra en ventilator, en pumpe eller lignende. Kendt for at søge ind i Herlev Hospital om vinteren, hvilket illustrerer, at høje bygninger foretrækkes til vinterophold.