Damflagermus, der er lidt større end vandflagermus, har samme adfærd, idet den også jager over vand. Damflagermusen udstøder foruden de almindelige ekkolokaliseringsskrig nogle karakteristiske lange skrig med næsten konstant frekvens ved 45-30 kHz. Alle arter i Myotis-slægten (vand-, skæg-, Brandts-, dam-, frynse- og Bechsteins flagermus) har spidse ørelåg (tragus), hvorimod Pipistrellus-slægten (dværg- trold- og pipistrelflagermus) har mere afrundede ører og mere afrundet ørelåg. Dette kan ofte ses på billeder af siddende dyr.

Kommer sent frem om aftenen, oftest tre kvarter til en time efter solnedgang. Tager flyvende insekter lavt over vand, men kan også tage insekter direkte fra vandoverfladen, måske er det derfor, den har så store fødder. Arten foretrækker søer med rent, stille vand uden andemad og andre planter. Dette kan skyldes, at planter forstyrrer skrigenes tilbagekastning fra vandoverfladen.

Jager næsten altid lavt over vand, men den kan dog også træffes ved høje træer. Dagophold og ynglekolonier i hule træer. Overvintrer i flere jyske kalkminer, men er også fundet i kældre, kloakker, brønde, beskyttelsesrum og lignende steder.

Vandflagermusen er meget almindelig og er fundet i hele Danmark, på nær nogle mindre øer.