Vandflagermus er en mindre flagermus. Kroppen er brungrå med en lys grå underside, der ofte kan ses med lommelygte. Vandflagermus jager oftest lavt over vand. Kropslængde ca. 4,5 cm, vingefang ca. 25 cm, vægt 6-15 g afhængigt at årstiden.

Høres bedst med almindelig detektor omkring 44 kHz. Sædvanligvis 12-15 skrig per sekund. Skrigene er korte, hvilket får det til at lyde ”knitrende” i en almindelig detektor.

Sonogram. De enkelte skrig er svagt S-formede. Startfrekvens ca. 80 kHz, størst energi ved 40-50 kHz, slutfrekvens ca. 29 kHz. Skrigene starter og slutter gradvist. Til tider ligner aftegningen en ”stiplet linje”, det skyldes interferens med lyden, der kastes tilbage fra vandoverfladen.