Trepigget hundestejle har som regel tre pigge foran rygfinnen, mens nipigget hundestejle oftest har ni. Hvis piggene er lagt ned langs ryggen, kan de dog være svære at tælle. Den nipiggede hundestejle er mere langstrakt end den trepiggede hundestejle.

Føden består især af vandinsekter og krebsdyr, men den æder også fiskeæg og fiskeyngel. Oftest træffes nipiggede hundestejler enkeltvis eller nogle få sammen, men de kan optræde i stimer. De findes ofte i helt små grøfter og kanaler, hvor man ikke forventer at finde fisk. De fleste steder yngler fiskene kun i ferskvand, men gydningen kan også foregå i brakvand. Hannen bygger en kugle- eller cylinderformet rede af trådalger, som hæftes til alger og vandplanter. Når en hun nærmer sig, opfører hannen en parringsdans, hvor han vender hovedet nedad. Larverne måler ca. 6 mm ved klækningen, og de vogtes stadig de første dage af hannen, mens de stadig opholder sig i reden. Kan leve i op til syv år, men kun i damme uden rovfisk.

De fleste steder er den nipiggede hundestejle overvejende en ferskvandsfisk, der især findes i grøfter og småbække samt vandhuller (sjældnere i søer), men den tåler brakvand. Så i havet opholder arten sig altovervejende på helt lavt vand i brakvandsområder med vegetation, i havne og ved å-udløb. I egentligt saltvand er den meget sjælden.

I ferskvand er arten meget almindelig i hele landet. I havet er den almindelig ved brakvandskyster, og det samme gælder i flere af vore fjorde.

Fiskeatlas - Artstekster. Statens Naturhistoriske Museum.

Faktisk er det gennemsnitlige antal pigge hos den nipiggede hundestejle som regel højere end ni, og derfor kaldes den nogle steder ”tipigget hundestejle”. Fisken kan ”låse” piggene ved hjælp af en lille benplade ved deres basis – typisk for at beskytte sig mod rovfisk, der er ved at sluge den.