I sommerdragt er hannen af toppet skallesluger en ret særpræget fugl med sit metal-grønne hoved, de strittende nakkefjer og røde øjne. Resten af fjerdragten er ganske spraglet, og især det længdestribede, rustbrune bryst er karakteristisk i forhold til den nært beslægtede store skalleslugers hvide bryst. Hunnen er betydeligt vanskeligere at kende fra hunnen af stor skallesluger, men en mere udflydende grænse mellem det brune hoved og den grå hals, en mindre hvid hage og en kortere, mere strittende nakketop er karakterer, der adskiller de to.