Klit-fyr adskilles fra øvrige arter af fyr på nålekarakterer (antal nåle i knippet, nålenes farve og længde). Koglerne hos klit-fyr har kort stilk eller er siddende som hos skov-fyr. Underarterne af klit-fyr kan adskilles på koglernes form. Hos almindelig klit-fyr beskrives koglerne som noget skrå og har en spinkel og blivende torn, hvorimod brednålet klit-fyr beskrives som skrå, og både brednålet klit-fyr og lodgepole-fyr har ingen torne.

Træet sætter kogler fra en tidlig alder og producerer store mængder af frø med 4-5 års mellemrum. Koglerne forbliver tætlukkede i op til flere år, gerne flere årtier. Denne frøreserve kan frigives ved skovbrand, og arten kan således hurtigt genetablere en bestand eller indvandre på nye områder. Tilgroning påvirker lysforhold og mikroklimaer, hvilket kan forringe plante- og dyreliv. Træets tætte krone optager store dele af luftens indhold af kvælstof, der medfører acceleration af tilgroning og potentiel udkonkurrering af den åbne vegetation.

Klit-fyr vokser i åbne naturtyper og findes i en række beskyttede naturtyper som klitheder, klitter, indlandsheder, strandoverdrev og spagnummoser, men også i mere kultiverede områder som plantager, grusgrave og jernbaneterræner. 

Arten er hovedsageligt udbredt i Nord- og Vestjylland, men kan dog forekomme i hele landet. Klit-fyr er hjemmehørende i Nordamerika og indført til Danmark i slutningen af 1800-tallet, hvor den blev plantet som pionertræ og ammetræ på klitter og heder.