Arten kan forveksles med lille flagspætte og den sjældne mellemflagspætte. Førstnævnte er noget mindre og mangler de aflange, vertikale, hvide skulderfelter samt rød undergump. Mellemflagspætte er også mindre, har en anderledes hovedtegning og smalle striber på undersiden.

Om sommeren lever stor flagspætte hovedsagelig af insekter, især sommerfuglelarver, som den hakker frem fra træstammer. Om vinteren består føden mest af nåletræskogler, der bearbejdes i særlige spætteværksteder, som f.eks. kan udgøres af en revne i en stub, hvor koglen kiles fast. I år, hvor frøsætningen af fyr og gran slår fejl, kan nordlige bestande af stor flagspætte optræde invasionsagtigt i de danske skove. Det drejer sig især om ungfugle, som har haft svært ved at konkurrere med de ældre fugle om den begrænsede fødemængde.

Den foretrækker blandskov med mange udgåede træer, i hvilke den både finder sin føde og laver sit redehul. Den findes dog også i ren løvskov og nåleskov.

I Danmark er der gjort ynglefund over langt det meste af landet. Arten er særlig talrig i Jægersborg Dyrehave, Gribskov, Rold Skov og Høstemark Skov. Den synes kun at mangle på helt skovløse lokaliteter som f.eks. Anholt og Saltholm. Bestande af stor flagspætte findes over det meste af Europa og i en bred stribe gennem Asien østpå til Stillehavet.

Spætter. Uddrag fra Folk og fauna (Brøndegaard, 1985-86) via KSLA (Kungliga Skogs- och Lantbruksakademien).

Dens unikke kraniekonstruktion gør, at fuglen ikke får hjernerystelse af at tromme på træstammer. Dette arbejde, kombineret med åbning af grankogler om vinteren, slider så meget på næbbets hornlag, at tre hele næblængder slides op i løbet af et år.